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一、定義不同：
光學顯微鏡是一種利用光學原理將人眼無法分辨的微小物體放大成像的光學儀器，使人們能夠提取詳細的結構信息。
自動掃描電子顯微鏡技術的應用是以光學顯微鏡為基礎的。光學顯微鏡的分辨率為0.2μm，而透射電子顯微鏡的分辨率為0.2nm，這意味著透射電子顯微鏡是在光學顯微鏡放大1000倍的基礎上進行的。
2、分類不同：
光學顯微鏡的分類方法很多。按目鏡數量可分為三目、雙目和單目顯微鏡；根據圖像是否具有立體效果，可分為立體視覺和非立體視覺顯微鏡；按觀察對象可分為生物顯微鏡和金相顯微鏡等；按光學原理可分為偏光顯微鏡、相差顯微鏡和微分干涉顯微鏡等。
自動掃描電子顯微鏡按結構和用途可分為透射電子顯微鏡、掃描電子顯微鏡、反射電子顯微鏡和發射電子顯微鏡。
3. 不同的組成結構：
顯微鏡的光學系統主要包括物鏡、目鏡、反射鏡和聚光鏡四部分。從廣義上講，它還包括光源、過濾器、蓋玻片和載玻片。
全自動掃描電子顯微鏡由鏡筒、真空裝置和電源柜三部分組成。
與光學顯微鏡和透射電子顯微鏡相比，掃描電子顯微鏡具有以下特點：
1、可直接觀察試樣表面結構，試樣尺寸可達120mm×80mm×50mm。
2、制樣過程簡單，無需切成薄片。
3、樣品在樣品室中可以平移和旋轉三度，因此可以從多個角度觀察樣品。
4.景深大，圖像具有立體效果。掃描電子顯微鏡的景深比光學顯微鏡大數百倍，比透射電子顯微鏡大幾十倍。
5、圖像放大范圍廣，分辨率較高。它可以放大十倍到幾十萬倍，基本包括放大鏡、光學顯微鏡到透射電子顯微鏡的放大范圍。分辨率介于光學顯微鏡和透射電子顯微鏡之間，可達3nm。
6、樣品對電子束的損傷和污染小。
7、在觀察形貌的同時，還可以利用樣品的其他信號進行微區成分分析。
